Die Förderung biotechnologischer Fragestellungen ist in vielen Progammteilen von Horizont 2020 möglich, wobei insbesondere der Bereich "Führende Rolle bei grundlegenden und instustriellen Technologien (LEIT) - Schlüsseltechnologie Biotechnologie" zu nennen ist. Hier geht es im Schwerpunkt um die Neu- und Weiterentwicklung von Methoden, Verfahren und Plattformtechnologien, mit denen sich die vielfältigen Möglichkeiten der Nutzung natürlicher Systeme für eine breite Palette von Anwendungen realisieren lassen. Die Aktivitäten decken dabei in der Regel die "Technology Readiness Level" (TRL) 3-5 ab:

  • TRL3 - experimenteller "prof of concept"
  • TLR4 - Validierung im Labor
  • TRL 5 - Validierung in einer relevanten Anwendungsumgebung

Im Technologiefeld Biotechnologie geht es um Plattformtechnologien, synthetische Biologie, Systembiologie, Biokatalyse, molekulare Nachweisverfahren, moderne Verfahren der genetischen Veränderung, zellfreie Produktionssysteme und vieles mehr.

Biotechnologische Fragestellungen können auch Bestandteil der bioökonomischen Ausschreibungen in der Gesellschaftlichen Herausforderung 2 "Ernährungs- und Lebensmittelsicherheit, nachhaltige Land- und Forstwirtschaft, marine, maritime und limnologische Forschung und Biowirtschaft" sein. Hier steht die konkrete Anwendung von biotechnologischen Methoden und Verfahren zur Lösung von Herausforderungen im Mittelpunkt. Ein Schwerpunkt ist dabei die industrielle Biotechnologie zur Nutzung biogener Rohstoffe.

Die in der Bioökonomie geförderten Projekte umfassen dabei die Bereitstellung von unterschiedlichsten Produkten aus den in Europa vorhandenen Bioressourcen aus Landwirdschaft, Forst, Fischerei und Aquakultur sowie anfallenden Nebenprodukten oder Abfällen (z. B. organischer Siedlungsabfall, Abfälle aus der Lebensmittelverarbeitung). Die Produktpalette reicht dabei von Chemikalien, Nahrungs- und Futtermittelzusatzstoffen, Verpackungsmaterialien, Kunststoffen, Baumaterialien bis hin zu Kosmetika, Feinchemikalien oder Stoffen mit besonderen neuen Eigenschaften.

Diese Themen werden neben den Aufrufen der Kommission in der Gesellschaftlichen Herausforderung 2 insbesondere durch die öffentlich-private Partnerschaft "Bio-Based Industrie Joint Untertaking" (BBI JU) abgedeckt. Gefördert werden Forschungs- und Entwicklungsprojekte, sowie Innovationsprojekte, die nochmal in Demonstrations- und Flaggschiffprojekte unterteilt werden.  Die Flaggschiffprojekte zeichnen sich dadurch aus, dass sie Produkte bis hin zur tatsächlichen Marktreife entwickeln und in marktnahen Größenordnungen produzieren sollen. Hierzu werden von den an den Projekten beteiligten Industrieunternehmen zusätzliche Investitionen (sogenannte "additional acivities") erwartet, die zum Erfolg der Projekte beitragen sollen.

Daneben gibt es öffentlich-öffentliche Partnerschaften, beispielsweise wie ERA-NETs und Joint Programming Initiatives. Diese veröffentlichen eigene Ausschreibungen mit unterschiedlichen Themen und Anforderungen an den technolgischen Reifegrad.

Zudem bieten die themenoffenen Bereiche des Programmteils I "Wissenschaftsexzellenz", wie der Europäische Forschungsrat (ERC), die Marie-Sklodowska-Curie-Maßnahmen, die künftigen und neu entstehenden Technologien (FET), der Bereich der Forschungsinfrastrukturen sowie das bereichsübergreifende Fast Track to Innovation (FTI) Fördermöglichkeiten zu biotechnologischen Fragestellungen. Speziell an kleine und mittlere Unternehmen (KMU) richtet sich das KMU -Instrument.